La tassonomia (dal greco ταξις, taxis, "ordinamento", e νομος, nomos, "norma" o "regola") è, nel suo significato più generale, la scienza della classificazione. Abitualmente, si impiega il termine per designare la tassonomia biologica, la scienza dell'ordinare gli organismi in un sistema di classificazione composto da una gerarchia di taxa annidati.

Con il termine tassonomia, dunque, ci si può riferire sia alla classificazione gerarchica di concetti, sia al principio stesso della classificazione. Praticamente tutti i concetti, gli oggetti animati e non, i luoghi e gli eventi possono essere classificati seguendo uno schema tassonomico. La tassonomia è la scienza che si occupa genericamente dei modi di classificazione (degli esseri viventi e non). Per classificazione si intende la descrizione e la collocazione in un sistema tassonomico di una entità, mentre per determinazione si intende il riconoscimento o l'identificazione di un soggetto. Soprattutto in ambito scientifico (es. botanica, zoologia) è importante non confondere questi termini.

Secondo la matematica, una tassonomia è una struttura ad albero di istanze (o categorie) appartenenti ad un dato gruppo di concetti. A capo della struttura c'è un'istanza singola, il nodo radice, le cui proprietà si applicano a tutte le altre istanze della gerarchia (sotto-categorie). I nodi sottostanti a questa radice costituiscono categorie più specifiche le cui proprietà caratterizzano il sotto-gruppo del totale degli oggetti classificati nell'intera tassonomia.

In biologia è la disciplina scientifica che si occupa di attribuire un nome agli organismi viventi e di classificarli. Di conseguenza, la Tassonomia Biologica è una sottodisciplina della Biologia Sistematica, che studia le relazioni di parentela fra gli organismi e la loro storia evolutiva. Attualmente, la Tassonomia agisce dopo avere risolto l'albero filogenetico degli organismi studiati, cioè, una volta che vengono risolti i cladi, o rami evolutivi, in funzione delle relazioni di parentela fra essi.

Attualmente esiste il consenso nella comunità scientifica del fatto che la classificazione deve essere interamente consistente con ciò che si sa della filogenesi dei taxa, poiché solo allora fornirà il servizio che si spera essa dia al resto dei rami della Biologia (vedere per esempio Soltis e Soltis 2003 ^[1]), ma ci sono scuole dentro la Biologia Sistematica che definiscono con sfumature differenti la maniera nella quale la classificazione deve corrispondere alla filogenesi conosciuta.

Più in là della scuola che la definisce, il fine ultimo della Tassonomia è organizzare l'albero filogenetico in un sistema di classificazione. Perciò, la scuola cladistica (quella che predomina al giorno d'oggi) converte i cladi in taxa. Un taxon è un clade al quale fu assegnato una categoria tassonomica e un nome in latino, di cui si faceva una descrizione, associandone un esemplare "tipo", e che fu pubblicato in una rivista scientifica. Quando si fa tutto questo, il taxon ha un nome corretto. La nomenclatura è la sottodisciplina che si occupa di regolamentare questi passi, e far sì che ci si attenga ai principi di nomenclatura. Di conseguenza, i sistemi di classificazione che ne nascono, funzionano come contenitori di informazione da un lato, e come predittivi dall'altro.

Una volta terminata la classificazione di un taxon, si estraggono i caratteri diagnostici di ognuno dei suoi membri, e sopra questa base si confezionano chiavi dicotomiche di identificazione, le quali sono utilizzate allo scopo di determinare o identificare gli organismi, ubicando un organismo sconosciuto in un taxon conosciuto del sistema di classificazione dato. La determinazione o identificazione è inoltre la specialità, dentro la tassonomia, che si occupa dei principi di elaborazione delle chavi dicotomiche e altri strumenti utilizzati allo stesso fine.

Le norme che regolano la creazione dei sistemi di classificazione sono in parte convenzioni più o meno arbitrarie. Per comprendere queste arbitrarietà (per esempio, la nomenclatura binomiale delle specie e la uninominale delle categorie superiori alla specie, o anche la quantità di categorie tassonomiche e i nomi delle stesse) è necessario studiare la storia della Tassonomia, che ci ha lasciato come eredità i Codici Internazionali di Nomenclatura alle cui regole tecniche debbono attenersi i sistemi di classificazione.

La nuova crisi di biodiversità, i progressi nell'analisi del DNA, e la possibilità di interscambiare informazione attraverso Internet, hanno dato un enorme impulso a questa scienza nella decade del 2000, generando un dibattito riguardo alla necessità di fare riforme sostanziali dei Codici, che ancora si stanno discutendo. Alcuni esempi di nuove proposte sono la "Tassonomia libera da ranghi", i "marchi del DNA" e la pubblicazione su Internet.